از لحاظ تاریخی، منابع و مآخذ افکار ملاصدرا را می‌توان به چهار مبدأ اساسی تقسیم نمود:
1ـ فلسفه بوعلی و بقیه حکمای مشائی و من غیر مستقیم فلسفه ارسطو و افلاطونیان جدید که منشأ فلسفه مشائی اسلامی است.
2ـ حکمت اشراق شیخ اشراق، شهاب الدین سهروردی.
3ـ عرفان مکتب ابن عربی
4ـ دین اسلام مخصوصاً بعضی روایات و اخبار پیغمبر‌(ص) و ائمۀ اطهار‌(ع) که در واقع اساس حکمت و عرفان اسلامی است.
صدر‌المتألهین حکمت را بر چند اصل قرار داد که مخصوص مشرب او است و از ابتکار و اجتهاد او در تأسیس مکتب حکمت متعالیه محسوب می‌گردد. بعضی از این اصول که حائز اهمیت خاصی در فهم افکار او است بدین قرار است:
الف) اصالت و وحدت و تشکیک وجود: پایۀ حکمت ملاصدرا مبنی بر اصل اصالت و وحدت و تشکیک وجود است که در هر بابی از ابواب حکمت مورد استفادۀ ملا قرار گرفته است. مسألۀ اصالت وجود به طریقی که بین متأخرین مطرح شده در فلسفۀ فارابی و بوعلی و شیخ اشراق وجود نداشت و در واقع میرداماد این مسأله را به صورت فعلی درآورد، منتها طریقۀ اصالت ماهیت را اتخاذ نمود. ملاصدرا اصالت وجود و اعتباریت ماهیت را در آغاز مبحث امور عامه طرح نموده و دلائل بسیاری برای اثبات آن آورده و پیروان اصالت ماهیت را مورد انتقاد قرار داده است. مقصود ملا از اصالت وجود این است که وجود، مبدأ اثر است و در خارج تحقق دارد و حقیقتی است اصیل و واقعی که ماهیات از آن انتزاع می‌گردد. در حالیکه ماهیت دارای واقعیت و حقیقت مستقل از وجود نیست.
وحدت وجود که اصطلاح آن برای اولین بار در نوشته‌های ابن عربی بکار برده شده یکی از اصول عرفانی است که بسیاری از عرفاء قبل از ملاصدرا آن را مطرح نموده بودند، لکن ملا اولین کسی بود که آن را وارد حکمت نمود و از نتائج آن در مسائل فلسفی استفاده کرد. مقصود از تشکیک وجود، که به حکمای قدیم فرس یا فهلویون نسبت داده شده است، همان مراتب شدت و ضعف وجود است به طریقی که حد ذاتی هر مرتبه آن را از مرتبۀ دیگر متمایز می‌سازد بدون اینکه حقیقت آن دو متغایر باشد. پس مقصود از وحدت و تشکیک وجود این است که وجود حقیقتی است واحد، لکن دارای مراتب شدت و ضعف بدین نحو که از واجب الوجود تا هیولی یک وجود بیش نیست که در عین حال به دلیل شدت و ضعف به مراتب مشخص و متمایز منقسم گردیده است.
ب) حرکت جوهریه: برعکس حکمای قدیم مانند شیخ الرئیس که در پیروی از ارسطو حرکت را به چهار مقولۀ «کم» و «کیف» و «وضع» و «این» محدود نموده و منکر حرکت در جوهر بودند، ملاصدرا معتقد است که خلقت در هر آن تجدید شده و کلیۀ موجودات در حال طی قوس صعودی می‌باشند و ذات و جوهر آنان در حرکت است. ملا از این اصل در حل بسیاری از مسائل مانند رابطه بین حادث و قدیم و حدوث جسمانی روح و تکامل نفس و معاد جسمانی استفاده نمود و حرکت جوهریه را مانند وحدت و تشکیک و اصالت وجود یکی از ارکان حکمت قرار داده است.
بنا به قول ملا، همۀ موجودات در طلب کمال‌اند و در هر مرحله از سیر صعودی و تکاملی یکی از نقائص خود را سلب نموده و کمال جدیدی کسب می‌نمایند. این سیر توسط حرکت جوهریه انجام می‌گیرد، بدون اینکه هویت و ماهیت شیء از بین برود. چون هر موجودی جنبه‌یی دارد ملکوتی و لایتغیر در عالم الهی و جنبۀ دیگری متغیر در عالم سفلی که عالم ماده باشد و فقط این جنبۀ ثانی موجود است که مشمول تحولات ذاتیه و حرکت جوهریه می‌باشد. صورت ما که به ماده تحقق می‌بخشد لایتغیر است و هیچ گونه حرکتی نمی‌پذیرد، بلکه موضوع حرکت افراد صور است، بدین جهت حرکت جوهریه باعث تکثیر انواع نمی‌گردد و مانند نموّ و ذبول است که دارای اصل ثابتی می‌باشند.
حرکت ذاتی و جوهری فقط در آن مرتبه از مراتب وجود به وقوع می‌پیوندد که دارای ماده باشد و بدین دلیل عالم مجردات از حرکت جوهریه مستثنی است و فقط جوهر اجسام و نفوس که از جهت فعل نیاز به ماده دارند در حرکتند. در طی مراحل قوس صعودی، مادۀ هر موجودی لباس نوینی بر تن می‌نماید بدون اینکه لباس قبلی را از تن بدر کرده باشد و در هر مرحلۀ جدید تمام کمالات مراتب پیشین را دارا است.
ج) اتحاد عاقل و معقول: آخوند تعقل را در اتحاد عاقل و معقول می‌داند و براهین متعددی علیه ابن ‌سینا و دیگر مشائیون که مخالف این نظرند آورده است. به نظر ملا، ادراک که توسط اتحاد عاقل و معقول انجام می‌گیرد به نحوی است که صاحب ادراک از مرتبۀ وجودی خود به مرتبۀ وجودی مدرک ارتقاء یا انتقال می‌یابد و هر علمی در واقع با اتحاد با معلوم انجام می‌پذیرد. ملاصدرا علم را به علم حضوری و حصولی تقسیم نموده و به خلاف حکمای مشائی که علم حضوری را منحصر به علم شیء به ذات خود می‌دانند با پیروی از شیخ اشراق، علم حضوری را شامل «علم مجرد به ذات خود» و «علت به معلول» و «معلول به علت» می‌داند. علم خداوند به موجودات نیز همان علم حضوری است بر ذات اشیاء نه ارتسام صور موجودات، چنانچه مشائیون می‌پندارند. علم باری مانند علم نفس به ذات خود است چون وجود باری کامل و بدون نقص است، این علم نیز از هر جهت کامل می‌باشد. وجود باری مانند آیینه‌یی است با شعور و موجودات مانند صوری که در آن آیینه منطبع گشته‌اند، خداوند بالذات عالم است و علم او به ذات خود در واقع علم او است بر جمیع موجودات، از آنجا که خارج از احاطۀ ذات او موجودی نیست.
د) تجرد قوۀ خیالیه: ملاصدرا به علم مثل معلقه و صور برزخیه که بین عالم معقولات و طبیعت قرار گرفته و بعضی آن را هور قلیا می‌نامند توجه خاصی معطوف داشته و عالم خیال متصل را در نفس حیوانات، مجرد از ماده و باقی دانسته و برای نیروی تخیل در انسان و حیوانات راقیه، حیات اخروی بعد از فنای بدن در عالم خیال منفصل قائل بوده و در این نکته نیز از تعالیم فلاسفۀ پیشین که فقط عقل را مجرد می‌دانسته‌اند سر پیچیده و نظر نوینی بر عقیدۀ آنان افزوده است.
قوۀ متخیله به نظر ملاصدرا حائز اهمیت خاصی می‌باشد از آنجا که تجلیگاه صفت خلاقیت خداوند است و می‌تواند صور مختلفه را در ذهن خلق کند، لکن نیروی متخیله فقط قادر به ایجاد صور ذهنی است در حالی که خالق عالم، ماهیات را وجود عینی و خارجی عطاء می‌نماید. نفس منزه انبیاء و اولیاء و عرفاء نیز که مظهر عالم ربوبیت و خلیفۀ خالق جهان است، به آن حد کمال و فعلیت رسیده و از کدورت و ظلمت ماده تا آن درجه منزه گردیده که می‌تواند به همت خود صوری را که قوۀ مخیله در ذهن خلق نموده، وجود عینی بخشیده و نیروی خلاقیت نفس کامل تا آن حد است که می‌تواند شرائط خارجی را مطابق وضع درونی خود سازد.
گذشته از این چند مبحث، اصول دیگری را نیز می‌توان نام برد که ملاصدرا در آن مبتکر بوده و یا برای اولین مرتبه آن را داخل مباحث حکمت نموده است، از قبیل قاعدۀ بسیط الحقیقه کل الاشیاء، النفس فی وحدتها کل القوی، امکان اشرف و امکان اخص، اثبات معاد جسمانی، اثبات ارباب انواع به نحو اتم که هر یک مثمر نتائج بسیار مهم و شایستۀ بحث جداگانه‌یی است. نکتۀ جالب دیگر این است که ملاصدرا مطالب و مباحث حکمت را به طریقی ترتیب داد که می‌توان الهیات را از طبیعیات ارسطویی و نجوم بطلمیوسی تفکیک نمود و نیز علم النفس را از مبحث طبیعیات جدا و به الهیات منتقل ساخت. این امر حائز اهمیت فوق العاده‌یی است. از آنجا که در اثر تحولاتی که معاصران ملاصدرا در اروپا ایجاد نمودند اصول علوم طبیعی و نجوم قدیم به تدریج فراموش گردید و این علوم از اعتبار ساقط گشت و نظر جدید دربارۀ طبیعت ظهور نمود که در اندک مدتی عالمگیر گشت و آنقدر مورد پسند و قبول همگی قرار گرفت که با اتکای به آن، حکمت مشائی در مغرب زمین که تا آن عصر حکم فرما و مبنی بر طبیعیات قدیم بود مطرود گشت و نفوذ خود را در محافل علمی از دست داد.
گرچه این تحولات تا قرنی پیش به ایران سرایت ننمود، گویا ملا از طریق کشف و شهود، وقوع این تغییرات اساسی را پیش بینی کرده بود و برای پیشگیری از انتقادی که ممکن بود با توسل به علوم طبیعی جدید علیه حکمت انجام گیرد، مقدمات جدا نمودن الهیات را از طبیعیات فراهم ساخت تا دیگر مباحث حکمت الهی در گزند حملۀ نظریات زودگذر علوم طبیعی قرار نگیرد. در مورد علم النفس نیز ملاصدرا یک چنین امری انجام داد و به علاوه توجه خاصی به این علم نمود و در شرح قوای نفس و مراتب تکامل و آغاز و انجام آن به‌کشف حقائق بسیار لطیفی نائل آمد و این علم را به مرحله‌یی رسانید که هیچ یک از حکمای سلف را با آن برابری نیست. ملاصدرا معرفت نفس را کلید علم به حقائق ربانی و حکمت الهی می‌دانست و با معرفتی که خود از راه ریاضت و تزکیه نفس بدست آورده بود توانست به بهترین وجهی شیب و فراز راه تکامل نفس را روشن سازد و نقص و کمال سرشت انسان را جلوه‌گر نماید.
رسالۀ سه اصل، نمونه‌یی است از روش ملا در شناسایی نفس و موانعی که آن را از وصال به معرفت واقعی باز می‌دارد و طریقی که باید برای از میان برداشتن این موانع و نیل به کشف حقائق و مرحلۀ ذوق و شهود بکار برد. کتب و رسائل ملاصدرا در علم النفس مانند سفر چهارم اسفار از پرارزش‌ترین نوشته‌های حکمای اسلامی در این فن و در زمرۀ اساسی‌ترین فصول حکمت صدر المتألهین محسوب می‌گردد.
چنانکه از مقدمۀ اسفار، استنباط می‌شود، ملاصدرا از بعضی از علمای ظاهربین و قشری زمان خود رنج‌های فراوان برد و حتی در معرض حمله و خصومت علمی آنان قرار گرفت و اگر نفوذ خانوادگی او نمی‌بود، ممکن بود به عاقبت شیخ اشراق دچار گردیده و جان را در راه اشاعۀ حکمت و عرفان از دست بدهد.
ملاصدرا در اظهار عقائد عارفانۀ خود دربارۀ مبدأ و معاد و عشق الهی و معنی بهشت و دوزخ و مطالب دیگر که از لحاظ دینی اهمیت فراوان دارد، به هیچ وجه دریغ ننمود و به وضوح این مطالب را در کتب مختلف مطرح ساخت. در واقع این سادگی و عدم احتیاط وی باعث شد که عمری در سرگردانی و ملامت بعضی از فقهاء بسر برد در حالی که او می‌توانست مانند استادش میرداماد و نیز شاگردان خود، ملامحسن فیض و عبد الرزاق لاهیجی، توجه بیشتری به محیط و وضع دینی و اجتماعی نموده و از گزند منتقدین مصون ماند. صراحت ملا در بیان حقائق و رموز عرفانی باعث شد که مورد طعن جماعتی قرار گیرد که تا به امروز خصومت خود را علیه وی فراموش ننموده و از مخالفت با افکار او و ممانعت از اشاعۀ تعالیم آن حکیم عالیقدر در محافل و مدارس علمی خودداری ننموده‌‍‌‌اند...
 رسالۀ سه اصل، که تنها اثر منثور ملاصدرا به فارسی است، پاسخ صدرالمتألهین است به تمام این کوته نظران و ظاهر بینان و عالم نمایانی که به نام علم و دین با حکمت و عرفان که منشأ تفکرات دینی و حافظ نوامیس آسمانی است، خصومت می‌ورزند. این رساله دربارۀ موضوعاتی چون سیر و سلوک و تکامل اخلاقی و کشف علوم حقیقی و نیز موانعی که در نیل به وصال به حقیقت در راه سالک نهاده شده است، بحث می‌نماید. این رساله به عوام خطاب نگردیده بلکه مستمعان و خوانندگانی که ملا در نظر دارد، علمای ظاهر بینی است که با آشنایی مختصری با ظواهر علوم و شرع، خود را در ردیف کاملین دانسته و سد راه ارباب حقیقت می‌گردند، چنانچه در مقدمۀ رساله می‌نویسد: «بعضی از دانشمند نمایان پر شر و فساد، و متکلمان خارج از منطق صواب و حساب، و بیرون از دائره سداد و رشاد، و متشرعان بری از شرع بندگی و انقیاد منحرف از مسلک اعتقاد به مبدأ و معاد، و افسار تقلید در سرافکنده، نهی درویشان شعار خود کرده‌اند.»
سپس این گروه را مستقیماً مخاطب قرار داده و می‌گوید: «ای عزیز دانشمند و ای متکلم خودپسند! تاکی و تا چند، خال وحشت بر رخسار الفت نهی و خاک کدورت بر دیدار وفا از سر کلفت پاشی و در مقام رد و سرزنش و جفا با اهل صفا و اصحاب وفا باشی و لباس تلبیس و ریا و قبای حیله و دغا در پوشی و جام غرور از دست دیو رعنا بنوشی و در ابطال حق و ترویج باطل و تقبیح دانا و تحسین جاهل بکوشی... بلی تو همیشه به جهت دواعی نفس ضلال پیشه و وساوس و هم محال اندیشه، در آن شیوه و اندیشه می‌باشی که طریقه هوا پرستی بطلان نپذیرد و احکام اباحت لذات و استحسان تمتعات حیوانی و انسراح در مرعای دنیا و مشتهیات طبیعت و هوا منسوخ نگردد». این گروه غافل از آنند که بدون تهذیب نفس و صیقل زدن آیینۀ دل و نور عرفان، درک حقائق میسر نیست چنانچه در باب ششم می‌فرماید: «اکثر متکلمان و ارباب رسوم، اعتماد بر مجرد سماع و روایت نهاده از راه بدر می‌افتند و می‌خواهند که تصحیح احکام الهی بی نور عرفان از راه حواشی که مثار غلط و التباس‌اند کنند و هر سالکی را که مخالف طور عقل ظاهربین خود دریافتند، منکر وی می‌شوند و شروع در ایذاء عناد و استهزاء می‌نمایند.»
ملا، اشخاص عالم نما و ظاهربین را از عوام خطرناک‌تر دانسته و آنان را بیش از عوام، دشمنان واقعی معرفت می‌داند، چنانچه می‌نویسد: «اگر این را (یعنی حب دنیا را) نیز ندانی، زهی غرور و جهالت که اکثر عوام وجهال دنیا بر تو شرف خواهند داشت، زیرا که ایشان معترفند به این مرض محبت دنیا و تو نیستی.»
آن علم حقیقی که ملا در طلب آن است و کسب آن را نهایت کمال انسانی می‌شمارد، علم صوری و ظاهری نیست. «آن علمی که آن مقصود اصلی و کمال حقیقت است و موجب قرب حق تعالی است، علم الهی و علم مکاشفات است نه علم معاملات و جمیع ابواب علوم. و ارباب عمل و دیگر علوم جزئیه از این باب دانش که آن دانش حقیقت است معزولند.»
علم واقعی که در اثر مکاشفه و شهود بدست می‌آید و فقط با «سیادت حقیقی و خردمندی معنوی» پیامبر اکرم‌(ص) میسر می‌گردد، «آن علم عزیز شریف و آن معنای غامض لطیف که از غایت شرافت و دقت از دیگران مخفی نموده و هیچ یک از ایشان مسّ آن نمی‌کرده‌اند و به نزد چندین کس از صحابه و تابعین کفر می‌نمود تا به تو و همراهانت رسد مراد از آن، کدام نوع علم بود؟ آیا مراد از آن خلافیات فقه است یا علم به معانی و بیان یا کلام یا لغت یا نحو و صرف یا طب و نجوم و فلسفه یا هندسه و اعداد یا هیأت و طبیعی؟ معلوم است که هیچ یک از افراد این علوم را آن مرتبه نیست بلکه این علم منحصر است در علم بطون قرآن و حدیث، البته نه ظاهر آنچه فهم همه کس بدان می‌رسد».