نازنين بيگم، در حالي که خوابش را براي فرزند چهار ساله‌اش تعريف مي‌کرد، از فراز تپه ها، اتاق‌هاي گنبد مانند الون آباد را ‌نگريست. آنها نيز همانند بسياري خانواده‌هاي ديگر، براي رهايي از چنگال بي‌رحم وبا، کوهستان‌هاي شمال غربي را براي رسيدن به روستای «نيسيان» طي مي‌نمودند. سید محمد جواد با آنکه چهار ساله بود، از زيستن در اين روستا خاطرات بسيار داشت: پدر بزرگش آقا ميرمحمد علي، آخوند ملارضا که پيش او خط نستعلیق و شکسته را آموخته بود، ملاعلي که خواندن و نوشتن را نزدش فراگرفته بود، شعرهاي نصاب الصّبيان که هميشه ورد زبانش بود... همه اينها را پشت سر مي‌نهاد و تنها اميدش به استادان تازه‌يي بود که در نيسيان با آنها آشنا مي‌شد: ملا قاسم علي اثيمي، ملاحسين فائق و سيد محمود روحاني.
اقامت شش ساله محمد جواد در نيسيان، با سختي فراوان سپري شد و تنها مايه دلگرمیش، جلسات درس و بحث اين سه استاد بود. هنوز دو سال از شيوع مرگبار وبا نگذشته بود که تمام منطقه، ميدان تاخت و تاز ياغياني گشت که يکي پس از ديگري، روستاها را لگدکوب سُم ستوران خود مي‌ساختند. سرانجام جعفرقلي و هزار و پانصد سوار مسلح به نيسيان هجوم آوردند و در ظرف سه روز اکثر دامها را در خانه‌ها ذبح کردند، درِ خانه‌ها و اتاقها را کندند و آتش زدند، گوشتها را کباب کردند و زنان را مجبور به پخت هرآنچه آرد در خانه‌ها بود کردند. در پس اين حوادث، قطحي، فقر، گرسنگي و بيماري تمام آن بلوک را فراگرفت. پدربزرگش، آقا ميرمحمدعلي، که هم چنان در الون آباد مي‌زيست، مستغلات خود را يکي پس از ديگري مي‌فروخت و شبانه براي فقراء آن ديار مي‌فرستاد. کم کم براي املاک او هم ديگر خريداري نبود و اگر به ندرت کسي پيدا مي‌شد، به هر قيمتي که مي‌خواست مي‌خريد، تنها شرط همان بود که بهاي مُلک را به صورت غله بپردازد تا او بتواند مردم بيشتري را از گرسنگي و مرگ نجات دهد.
محمد جواد در پيچ و خم اين سختي‌ها، تنها فکر و ذکرش طي مدارج دانش اندوزي بود و البته شايد اين تنها چيزي بود که در ميانه اينها همه دشواري وي را به زندگي در نيسيان دلبسته مي‌ساخت. اما دغدغه‌هاي او فراتر از دانش اساتيدش بود. او نزديک به دوازده سال داشت که يکي از مهمترين وقايع زندگیش رخ داد؛
 روزي در مسجد نيسيان، مقارن ایام محرم، حاج سيد محمود روحاني، که به تقوا و ورع شهره بود، در باب پرهيز از نافرماني الهي سخن گفت و به آيات و روايات بسياري استناد جست تا ثابت نمايد تنها کسي در قيامت رستگار مي‌گردد که تقواي الهي پيشه سازد. سرانجام در پايان خطابه‌اش چنين گفت: «يادي هم از بزرگ مردان کربلا بکنيم و بر مصيبت‌هايشان اشک بريزيم تا در قيامت شفاعتمان کنند و ميان ما و خدا ميانجي‌گري نمایند تا گناهانمان بخشوده گردد...» پس از پايان سخنانش هنوز به پايين منبر نرسيده بود که سيد محمد جواد برخاست، نوجوانی که هنوز مویی برصورتش نرُسته بود، برخاست و او را خطاب قرار داد که:
«استاد! چند جمله آخر سخنتان، نقض تمامي حرفهاي خودتان بود. اگر چند قطره اشک مي‌تواند انسان را رستگار کند ديگر چه نيازي است به اهتمام به تقواي الهي و اجتناب از معصيت خداوندي؟»
 آقا سید محمود روحاني به چشمان او نگريست و به فکر فرو رفت؛ او تيزبينانه دقت و جسارتي را که در پشت اين پرسش نهفته بود، مي‌ديد! سکوت کرد اما از آن پس با پافشاری فراوان از آقا سيدمحمود، پدر محمدجواد، درخواست نمود که او را براي ادامۀ تحصيل راهي اصفهان کند. دو استاد ديگر نيز بر اين امر اصرار فراوان داشتند. اما آقا سيدمحمود مخالف بود و به شدت مي‌ترسيد. او ترجيح مي‌داد فرزندش نزد همان اساتيد ساده و ديندار، دانش بيندوزد تا نزد استاداني که محضرشان آکنده از حشمت و کبرياء بود و خالي از دانش مفید. اما در نهايت وقتي ديد که نازنين هم به ديدۀ تأييد در رفتن سيدجواد مي‌نگرد، تسليم و همراه فرزندش عازم اصفهان گشت و در مدرسۀ ملا عبد الله حجره‌يي گرفت و خود نيز براي مدت چند هفته در آنجا اقامت گزيد.