سید محمدجواد، تازه با «مدرسه» آشنا مي‌شد و در همان نخستين نگاه‌ها، چشمان تيزبينش در بهت تناقض‌هاي مدرسه غرق شد، دستارهاي بزرگ، سرهاي تهي از دانش را هم مغرور و سنگين نشان مي‌داد، آمد و شدهای سنگين و پرناز و غرورِ دستاربندان در ميانه‌هاي بازار همانند يک موکب شاهانه، پر از جلال بود. او گمان مي‌کرد که مدرسه دنيايي جادويي است که ورود به آن انسان را از هر وسوسه‌يي مي‌رهاند اما آرام‌آرام مي‌ديد که انگار وسوسه‌هايي هست که مدرسه، تازه آن را در جان انسان سر مي‌دهد: «غرور و حسد». محمدجواد، اين مهاجر تازه وارد، توصيه‌هاي پدرش را هنگام هجرت به اصفهان به خاطر مي‌آورد: «جُنب و جوش اهل مدرسه، کمتر براي کسب علم است. پس تو دغدغه‌هاي آنان را ناديده بگير و تنها دانششان را کسب کن تا هدفت را گم نکنی. در ضمن از فروش خشکباری که برایت از مزرعه می‌فرستم هزینه زندگیت را تأمین کن نه از وجوهات رایج در مدرسه. هرچه بيشتر مي‌گذشت معناي اين حرفهاي پدر بيشتر برايش آشکار مي‌شد و نگاه کنجکاوش درتمام اين احوال فاصلۀ ميان دينداري و دين‌فروشي را در مي‌يافت. اما همۀ  اينها او را از کسب دانش دلسرد نمي‌ساخت و به سرعت مدارج ترقي را مي‌پيمود. وي اعجاب تمام استاداني را که نزدشان حضور مي‌يافت، بر مي‌انگيخت، بر خلاف رسم مدرسه، شب‌ها نيز درس مي‌خواند. هوش سرشارش، از همان ابتدا، وي را به کلاس‌هاي حکمت کشاند، که سن اندکش، تمسخر ساير طالبان علم و گاه اساتيد را به همراه داشت. اما او بي‌اعتناء به اين حسد ورزي‌هاي رايج در مدرسه، از بهترين اساتيد زمانه‌اش بهره مي‌جست: شيخ علي يزدي، سيد محمد کاظم کروَني، شيخ محمود مفيد، ميرزا احمد، سيد محمد نجف آبادي، حاج مير محمدصادق صادقي، شيخ محمد رضا نجفي و بالاخره شيخ محمد خراساني که استاد مسلّم علوم معقول و حکمت بود.
روزها يکي پس از ديگري مي‌آمدند و سالها در پي يکديگر. ده سالِ نخستِ بودنش در اصفهان، روزهايي سرشار از شوق و تکاپو براي يافتن پاسخ پرسش‌هايي بود که پيوسته ذهنش را مي‌سوزاند؛ آيا غرض خدا از ارسال رسل و انزال کتب همين احکام فقهي بوده است؟ اگر نبوده پس اين همه بحثهاي فرسوده و اختلافات بيهوده بر سر چيست؟ آيا شيعه، که امامان براي بقائش، آن حبس‌ها و تضييقات را متحمل شدند، همين مذهب خرافي ميان تهي است؟ نه، ممکن نيست! پس چرا ما اينچنين گرفتار انحطاطيم؟ ملتي چنين خار و سرگشته پيروان اماماني چنان سرفراز و وارسته؟! نه! اگر چنين نيست پس چرا هيچ‌کس هيچ نمي‌گويد؟ اينها همه عالِم آمدند و گفتند و نوشتند اما اينها همه جز بر کجروی وتباهي ما نيفزوده، چرا؟ چرا در ميانۀ اينها همه رساله که مکتوب مي‌شود و خطابه که القاء مي‌گردد، کتاب خدا اين قدر مهجور است و جعل و خرافه تا اين حد مشهور؟
خارخار نيش اين سؤالات همواره جان او را مي‌آزرد. خودش هم حس مي‌کرد که آرام‌آرام در طريقي گام مي‌گذارد که هم مسلکانش، آن را خوش نمي‌دارند. اين را از نگاه‌هايشان مي‌فهميد و نيز از تعريض‌هاي گَه‌گاهشان. اما او هيچ يک را به چيزي نمي‌گرفت و در اين روزگار تنها همّش، مصروف شناخت حقيقت و کسب علم بود که بدون آن هيچ اصلاحي در هیچ میدانی ممکن نبود. 
به همين جهت در فراز و فرود اين روزها و سالها، هيچ چيز او را از خواندن و دانستن باز نمي‌داشت. او مي‌دانست که براي زدودن سَره از ناسره، باید هم نسبت به حق و دُرُستی معرفت داشت و هم نسبت به جعل و تحريف. از اين رو کوشش‌اش تنها معطوف به کسب دانش بود و رسوخ در علم به گونه‌يي تام و تمام.
اين شد که در بيست و دوسالگي، در حالي که تمام قرآن و بيش از چهارهزار روايت را در حافظه داشت، با توان اعجاب انگيزش در تدريس و تبليغ، از چندتن از برجسته‌ترين استادانش موفق به کسب اجازه اجتهاد گرديد از جمله: شيخ محمدرضا نجفي، آقا سيد محمد نجف آبادي و حاج مير محمدصادق صادقي. اما از همان ابتداء، هيچ‌گاه نظر و دیدگاه خود را بر اجازۀ  اجتهادش استوار نمي‌ساخت، همواره مي‌گفت: «برخي از اشخاص که در مرتبه تَجزّي هم نيستند، اجازاتي در دست دارند، بنابراين داشتن اجازه، کاشف علم، و نداشتن آن دليل عدم علم نيست؛ عطر آن است که خود ببويد نه آنکه عطار بگويد.» ميان دَأب او در استنتاج احکام و شيوة ساري در بين حوزويان، تمايزي جدي، مشهود بود. نفوذ استدلالات عقلي در کلامش، احتجاجات نقلي را به حاشيه رانده  وجريان عميق حکمت در ذهنش، راه را بر قيل و قال‌هاي تکراري مدرسه بسته بود.